La historia comienza con la llegada de 2 nuevos alumnos al internado "Laguna Negra", llamado así por su localización, en medio de un bosque de España, donde hay una laguna llamada así. Los nuevos alumnos son Marcos Novoa y su hermana pequeña Paula, que acaban de quedar huérfanos y el director del colegio, llamado Hector, se ha ofrecido para ser su tutor legal.
También llega una nueva chica de la limpieza, María. Pronto descubrimos que se ha escapado de una institución psiquiátrica para buscar a su hijo, al que le robaron cuando nació, y que lo único que sabe es que asiste a dicho internado, del que pende un oscuro secreto.
Marcos no tarda en hacer amigos y enemigos, pues se fija en Carolina y ella en él, lo que provocará enfrentamientos y la ruptura con su novio Iván, que María no tarda en averiguar que es su hijo, por lo que tratará de acercarse a él sin descubrir su secreto, generando desconfianza en Hector, que empezaba a sentir algo por ella, pero acercándola al cocinero, Fermín.
Hector por su parte también tiene un secreto que pocos conocen: fue un niño huerfano en el internado cuando era un orfanato. Pero tiene otro que solo Jacinta, el ama de llavés que aún trabaja allí conoce: en realidad no es Hector, sino Samuel Espí, pero ocupó el lugar de Hector para salvar la vida cuando estuvo a punto de descubrir los experimentos que allí se realizaban con los huerfanos y que costaron la vida a sus amigos, entre ellos el auténtico Hector. Además, tuvo que dejar a su hermana, Irene, que fue adotada también con otro nombre y era la madre de Marcos y Paula. Por eso se ofreció como tutor, porque en cuanto vió la foto de Paula supo que era la hija de su hermana.
Marcos y sus nuevos amigos tropiezan con antiguos papeles que les llevan a descubrir que hace años se experimentó con algunos de los huerfanos, en concreto con las niñas con un CI muy algo, y descubre una foto de una niña idéntica a su hermana: Irene Espí.
A medida que avanza la investigación, empiezan a recibir amenazas y ataques, y uno de los chicos, Cayetano, muere, pero se tapa todo con una falsa prueba de drogas. Sin embargo, una alumna a la que han inscrito para alejarla de una relación con un hombre mayor, Julia, empieza a ver a Cayetano por los pasillos. No es la primera vez que ve a una persona muerta, también vio a su padre el día de su funeral y por eso la ingresaron en la misma institución psiquiátrica en la que estuvo María.
María pronto descubre que Fermín es algo más de lo que parece, pero como ella también tiene sus secretos, no le presiona. Fermín (que en realidad se llama Carlos) trabaja para una organización que sabe que en el internado hay oculto un gran tesoro, y está dispuesto a todo para conseguirlo. Fermín cree que hay algo que no le han contado y les informa lo justo, no entregándoles un cuadro muy valioso de El Bosco, que María sabe que tiene, por lo que, cuando desaparece, van a por María. Iván, que estaba armado por los ataques que ellos habían sufrido oye el altercado y acude en su ayuda, matando al hombre. María le dice que se olvide de todo y se deshace de las pruebas con la ayuda de Fermín, que había estado atrapado en los subterraneos del internado y que prueba a María que no va tras dinero quemando el cuadro delante de ella.
Iván no soporta la culpa y encuentra apoyo en su amistad con Marcos. Su amistad se hace a prueba de todo, hasta el punto que Marcos decide no intentar nada con su ex-novia, Carolina, y empieza a fijarse en la profesora de su hermana, Amelia. Lo que él no sabe es que ella trabaja para quien les amenaza, ya que su hermano depende de un medicamento experimental que solo ellos poseen, y que le utilizará para conocer todos sus pasos.
Mientras, Hector ha dejado de lado su enamoramiento por María para concentrarse en su novia por muchos años, Elsa, la hija del antiguo dueño del internado, que está esperando gemelos. Pero el embarazo tiene complicaciones y descubre que su madre tuvo el mismo problema: uno de los niños tiene serias malformaciones. Es entonces cuando Elsa descubre que tiene un hermano que vive oculto, ya que tiene un aspecto monstruoso. Es Jacinta la que le ha ocultado y protegido todos estos años, y su única amiga es Paula, al igual que lo fue su madre tantos años atrás. Pero Elsa quiere conocerlo y no para hasta dar con su casa en el bosque. Por desgracia, se asusta al verlo y cae. Pablo, su hermano, la coge en brazos y la lleva por el bosque para buscar ayuda, pero es incapaz de comunicarse y la policia acaba disparándole y matándole ante los ojos impotentes de Paula y Jacinta.
Elsa acaba perdiendo a los bebés, y se refugia en los brazos del mejor amigo de Hector y su amante todos esos años: Pedro, que quiere tener una auténtica relación con ella. Hector acaba descubriéndoles y rompe con Elsa, que también deja a Pedro y empieza a interesarse en Jacques Noiret, el padre adoptivo de Iván, con una condena por maltratar a su ex-mujer y a su hijo, y miembro de la organización que opera en secreto en el internado. Pedro no es consciente del peligro real que supone acercarse y provocar a este hombre y muere asesinado cuando le descubre desenterrando un cadaver junto a Camilo, el profesor de latín, pero lo ocultan fingiendo un accidente en coche bajo los efectos del alcohol.
Durante su investigación, Marcos descubre que su madre sigue viva y que ha vivido encerrada varios meses en una cámara en los pasadizos. Lo que no sabe es que allí tuvo a otro hijo y que en su huida se separó de él. El niño llegó a la puerta del internado y Elsa, que ya no puede tener hijos, solicita y optiene, con la ayuda de Jacques, su custodia. El niño se llama Samuel, ya que antes de su secuestro, había recordado su vida antes de la adopción como Irene Espí. A pesar de que ya no tiene que permanecer en una habitación, aun no es libre, ya que la organización para la que trabaja Fermín creen que aun no es el momento de sacar todo a la luz.
Los chicos siguen investigando, y se les une Julia, a pesar de que al principio no creen su historia de que vé a Cayetano, y menos el mensaje que tenía que darles: que le mató Jacques Noiret. Iván no soporta la presión y quiere creer que su padre no es un asesino y le quiere, ya que está tratando de acercarse a él y quiere recuperar su custodia, así que la toma con Julia y niega sus sentimientos por ella mientras se hace amigo del nuevo chapuzas del internado: Tony. Lo que no sabe es que Tony es su verdadero padre y mientras trata de recuperar a María y ganarse a Iván, está extorsinando a Jacques, que finalmente vuelve a desilusionar a Iván, cuando descubre que necesitaba ser su tutor para controlar sus bienes, y acaba consolandose con Julia, con la que inicia una tempestuosa relación.
Hector, sin que nadie lo sepa, ha descubierto que está muy enfermo. El tratamiento es muy caro y recurre a unos diamantes que encontró de niño en el internado. El problema es que no conoce su verdadero valor y cuando vende el primero, lo localizan, por lo que le esperan para cogerle. Su detective privado, al que contrató para encontrar a su hermana, le hace ver que no puede vender los diamantes sin comprobar antes que sea seguro, y se ofrece a venderlos por él cuando comprueba que le esperaban. Por desgracia desaparece. Jacinta cree que le ha robado, pero Hector teme que le haya pasado algo. Jacinta se equivoca: la organización le ha matado, pero antes de morir les hizo creer que era Samuel Espí.
Mientras Paula se hace amiga de un niño nuevo, Lucas, hijo de Martín, un profesor que, bajo una falsa identidad, huye de la policía, su ex-mujer, y la organización, pues también fue un niño huérfano, solo que a él lo robaron del hospital al nacer. Además, conocía y ayudó a Irene en su investigación antes de "fallecer" en alta mar, pero sus hijos nunca le conocieron. En el internado busca su pasado y se enfrenta a Jacinta, creyéndola culpable de todas sus desgracias. Su hijo, Lucas, tiene sueños "que se hacen verdad". O eso insiste, aunque él no lo cree. Pero empieza a dudar cuando hasta los más extraños comienzan a suceder, y su hijo sueña que él va a matar a alguien.
Mientras, Julia descubre que su padre fue el abogado de la madre de Marcos y que guardó algo muy importante en una caja de seguridad. Desde el momento que consigue sacarlo del banco, empiezan a amenazarla para recuperarlo, y al tiempo aparece su ex-novio/padrastro, que la propone huir juntos. Julia no encuentra apoyo en Iván y acaba pensando en irse, pero entonces Iván descubre que el padrástro también trabaja para la organización y trata de salvarla.
Jacinta quiere olvidar su pasado y lo que hizo por el padre de Elsa, del que estuvo enamorada y con el que tuvo una hija a la que dio de lado por seguir a su lado. Esta hija la guardó rencor durante mucho tiempo, pero cuando quiso arreglar las cosas, murió en un accidente del que solo se salvó su hijo, otorgándole la custodia a Jacinta a pesar de que el chico la culpaba de la perdida de su familia. Jacinta ve con pavor como Joaquín, ahora que sabe que nunca tendrá nietos de Elsa, trata de ganarse al chico, y la amenaza si trata de impedíselo, hasta que ella no ve más salida que sacarle del internado y alejarlo de él.
Cuando Joaquín se entera, va al cuarto de Jacinta y la amenaza, y acaba interviniendo Martín, matándole con un destornillador, tal y como había soñado su hijo.
En la biblioteca del internado, Hector se desmaya frente a todo el mundo.
Al tiempo, Jacques ha descubierto que Tony era el que le chantajeaba. El dinero lo recupera fácilmente, pero no encuentra los documentos que le robó, por lo que, al darse cuenta de quién es en realidad, hace que el padrastro de Julia también secuestre a Iván cuando trata de salvarla, y le amenaza con matarlo. Tony consigue salvar a los chicos y acabar con el padrástro de Julia, pero no sale indemne, ya que le dispara y muere, no sin antes confesar a Iván que María es su madre.
Mientras eso sucede, Marcos y los demás investigan en la vieja ermita, siguiendo una pista encontrada entre las cosas que sacó Julia del banco, y encuentran una sala de reuniones presidida por una bandera nazi.
