Marcos y Paula regresaron al internado cuando vieron que su tío Hector (Samuel) no aparecía, solo para verle morir por causas desconocidas al pie de las escaleras. Después de esto, Jacinta de la lleva a pasar el verano con ella para que lo supere, no sin antes prometer a Marcos que no dirá nunca a nadie que Hector era hermano de su madre.
Tras descubrir que había sido infectado, Iván se enfrentó a su padre solo para descubrir que no era el único: todos sus amigos están enfermos y solo si se portan bien y dejan de investigar, recibirán diariamente la medicina que les mantendrá con vida.
Como consecuencia ninguno ha podido salir del internado desde entonces, ni siquiera Carolina cuando murió su madre, lo que le ha provocado una crisis con Marcos, ya que la impidió escapar por miedo a que no regresara a tiempo y la descubrieran, perdiendo la medicación, que se une a la desconfianza general de todos, que no olvidan que el novio de Vicky les dijo que uno de ellos era un traidor.
Fermín trata de sacar a María del psiquiátrico en el que está interna. Iván se ha hecho una prueba de ADN para probar que es su hijo, pero la retienen alegando motivos de salud y les impiden ir a visitarla. Fermín finalmente logra pruebas de los abusos de la institución y María sale libre, pero Iván la obliga a huir por miedo que Noiret la haga algo, asegurándola que a él no le va a pasar nada.
El tema de la traición mina la relación de los chicos hasta que deciden hablar de ello y llegan a la conclusión de que no es posible que ninguno traicione al resto, ya que todos han perdido demasiado y hasta les han infectado, pero el descubrimiento de que una de las medicinas solo es agua con sal cuando en una ocasión se mezclan todas, reabre las sospechas hasta que Noiret le dice a Iván que le ha quitado la medicación para forzarle a confesar donde se esconde María. Iván está dispuesto a morir por ella, matando antes a Noiret en un acto público, para que tenga repercusión y no pueda ocultarse, pero Julia no está dispuesta a verle morir y localiza a María, que le detiene a tiempo y le da su medicina antes de que sea demasiado tarde.
María es chantajeada por Noiret para que espíe a Fermín a cambio de la medicina de Iván, pero con su ayuda hace doble juego y solo les cuenta lo suficiente para que crean que ha traicionado a su novio. Incluso gracias a ello consiguen averiguar que Hugo, el profesor de gimnasia, es jefe de Noiret en la organización. Además, Fermín la promete que si existe una cura para Iván como la han asegurado, él la encontrará.
Carolina sigue sospechando que hay un traidor entre sus amigos, y tiende una trampa a Noiret, que sin querer se lo confirma. El traidor, que no es otro que Roque, se siente tan asustado por si la organización decide matarlo y por si sus amigos descubren que les ha traicionado para que no le infecten, que les cuenta (y convence) a Noiret y Hugo que Julia ve fantasmas y ahora Eva, la hija de su jefe (el abuelo de Marcos), que es idéntica a Paula, se la está apareciendo. Pero mientras les pasa información Carol está a punto de pillarlo y para impedirlo, la empuja y cae desde lo alto de una de las torres. Creyendo que está muerta, se la lleva al bosque y la entierra, pero Carol está muy mal herida y consigue salir del agujero y avisar a Marcos por el movil, que la busca desesperado con el resto. Por desgracia, Carol está muy mal y apenas llega Marcos, muere en sus brazos, y Noiret hace creer a todos que Carolina ha dejado el internado deshaciéndose él del cuerpo.
Amelia trata de congraciarse con Marcos, pero no le dice que el hijo que espera es suyo, solo que está enfermo y por eso ha regresado. Marcos ya no la cree nada y Amelia no sabe que hacer, ya que el embarazo no va bien y no cree que la digan todo. Por desgracia, descubre que el problema es que su hijo tiene Rh + y ella Rh-, lo que no es posible, ya que Marcos también tiene Rh-. La única explicación es que Marcos no sea el padre y la organización la haya inseminado artificialmente, lo que significa que está en peligro ya que el bebé será muy importante en los planes de la organización, probablemente para sustituir a Samuel tras su muerte/desaparición, por lo que finalmente se lo confiesa a Marcos después de probarle que está de su parte ayudándolo a leer un viejo diario escrito en alemán y confirmándole que su abuelo sigue vivo.
La organización ha despertado las sospechas de la policía: demasiadas desapariciones o muertes cuyo único elemento en común es su relación con el internado "Laguna Negra". Por lo que han convencido a Elsa para que les ayude a infiltrarse y así averiguar si la desaparición de su padre es parte de todo lo que están investigando. La comisaria no tarda en averiguar que Martín se oculta en el internado con una identidad falsa y que conocía al matrimonio Novoa Pazos y estuvo cerca del lugar donde se hundió su barco en Grecia. Martín confiesa la investigación que estaban haciendo Sandra y él y que fueron a Grecia para ponerse en contacto con un traidor de la organización que se hacía llamar Apolo, pero que cuando llego al barco del matrimonio descubrió que Andrés les había traicionado, había hecho desaparecer a su mujer y fue quien preparó el barco para que explotara. También confiesa lo sucedido con el padre de Amelia. La comisaria le ofrece ayudarle con ese delito si la ayuda a desenmascarar a la organización, por lo que regresa al internado para contactar con Apolo de nuevo. Para ello, habla con Lucia, ya que fue la que ayudó a Sandra a contactar con el traidor la primera vez, y juntos vuelven a lograrlo. Apolo está dispuesto a destruir la organización y promete darle un virus mortal que están elaborando, pero Elsa solo quiere que vaya a la cárcel por matar a su padre, por lo que Jacinta acaba contándole algunas verdades de su padre, como que en realidad era alemán, nazi, y que abrió el orfanato para experimentar con niños.
Saúl y sus hombres (Fermín y Rebeca en el internado) creen que la organización planea empezar una pandemia para enriquecerse con las vacunas, soltando a sintecho por distintas ciudades que infectarían durante 2 días a todo aquel con el que se cruzasen, que se convertirían también en portadores, para después morir. Han conseguido evitarlo una vez, pero han capturado a Fermín y le amenazan con hacer daño a María, que es capaz de avisar a Saul de que van a por ellos.
Sandra (Irene Espí) vuelve a estar encerrada y ha visto a su marido mientras lo trasladan. No se fían de él ni de su amnesia, pero cuando comprueban que no recuerda ni sus alergias, tratan de acelerar su curación y convencerlo de que siempre trabajó para ellos. Por desgracia Sandra lo descubre cuando ve un vídeo de ella siendo inseminada de Samuel por su padre y su marido presente. Pero aunque entonces trabajara para ellos, el Andrés de ahora no se siente bien con todo esto y cuando descubre que van a hacer algo a Paula, llama a Marcos para que la saque del internado y trata de liberar a su mujer e hijo, pagando con su vida.
Otro que descubre como ser padre es Noiret. Hace tiempo tuvo una aventura con Lucía. Lo que no sabía es que tuvo un hijo. Ella lo ocultó a todos porque el niño nació con una enfermedad mortal, por lo que el niño tiene que permanecer en una habitación incomunicado. Noiret está emocionado cuando lo descubre, ya que tiene su sangre, pero Camilo, al que abandonó en el bosque creyendo que moriría por las quemaduras recibidas, busca venganza y ataca al niño, al que marca como uno de los "débiles" que según la organización tienen que morir. Lucía no está dispuesta a arriesgar la vida de su hijo y quiere ocultarlo, por lo que a Noiret no le queda más remedio que aceptarlo. El niño se despide y le dice que entiende que él no vaya, ya que tiene que cuidar a su otro hijo, y le asegura que está deseando conocerle, ya que por lo que le ha contado su madre, es muy fuerte y quiere ser como él.
Mientras la relación de Julia e Iván no pasa por sus mejores momentos. Carolina trató de advertirle que no la estaba tratando bien, ya que pasa de la adoración al desprecio en función de su humor, y eso provocó en su momento que ella le dejara. Por desgracia para él ha forzado demasiado las cosas con Julia y ya no soporta más la situación. No duda que la quiera, pero no sabe querer. Iván no se lo toma bien y aprovecha cualquier ocasión para meterse con Julia, que empieza a sentarse con otro compañero que parece interesado en ella, pero que en realidad ha enviado Hugo para enterarse de lo que sabe del fantasma de Eva y si es real. Julia no acaba de confiar en él, así que no le cuenta nada, pero Eva se muestra cada vez más agresiva y cuando Julia se niega a bajar a los túneles para buscar su cuerpo, comienza a bajar la temperatura de su cuerpo hasta tal punto que creen que si no bajan la matará. Iván se salta cualquier precaución y baja a los túneles en pleno día, ante la vista de cualquiera que pase en ese momento, lo que consigue que los intercepten y encierren.
Roque ha jugado con los 2 bandos demasiado tiempo y le han acabado infectando. Por desgracia para ellos, esto supone que ya no tiene nada que perder, así que tiende una trampa a Noiret con sus propias cámaras, que tiene ocultas en las papeleras de reciclaje, por todas partes. Vicky hace copia de su confesión y Roque está dispuesto a llegar hasta el final esta vez para destruirles.
Por suerte para Iván y Julia, Marcos ha entrado en los túneles buscando a su hermana, a la que ha secuestrado su abuelo y consigue soltarles. Le acompaña una compañera que está aterrada pero no se atreve a quedarse sola tras ser testigo de lo sucedido. Julia está cada vez peor y tienen que separarse. Marcos encuentra a su hermana y se la lleva, mientras Iván encuentra el cuerpo congelado de Eva. Julia, en las últimas le pide que la libere o de lo contrario Eva no la dejará, pero el abuelo de Marcos trata de impedírselo segurándole que tiene la cura para su enfermedad. Noiret aparece y le dice que lo mate, pero, por primera vez, Noiret parece dudar a la hora de hacer daño a su hijo, por lo que Iván rompe la cámara donde está Eva y se lleva a Julia mientras Wulf trata de salvar a su hija metiéndola en la maquina en la que trabajaba. Pero mientras la pone en marcha, Camilo rompe un tragaluz y tira una granada, volando el complejo por los aires.
El final, otra vez espectacular:
- Vicky gritando en medio de clase a Elsa que Carolina está muerta y están matando alumnos en el internado.
- Sandra pidiendo a la policía que la lleven con sus hijos.
- Noiret, vivo al haber escapado de los túneles antes de que explotaran.
- Martín no pudiendo impedir que la ampolla con el virus se rompa en un pasillo lleno de alumnos del internado
- Fermín, deambulando vestido como un sintecho en medio de una ciudad española, probablemente infectado con el virus.
¿Con qué más nos pueden sorprender en la 7ª temporada?
